小耳畸形的病因目前还不完全明确，环境和遗传因素是目前小耳畸形病因研究的重点。先天性小耳畸形在基因突变致病性研究方面还没有阐明小耳畸形胚胎发育的机制。小耳畸形主要涉及胚胎发育期间第一和第二鳃弓的异常，主要表型涉及外耳发育异常。外耳的耳廓是由第一和第二鳃弓的逐渐融合形成的，在发育过程中第一和第二鳃弓之间是相互作用，两弓之间的凹槽加深，形成外耳道，从胚胎的起源来分析，外耳的发育至少在一定程度上是由第一和第二鳃弓通过后脑的部分区域来介导的，后脑是鳃弓的神经嵴细胞的来源，在后脑的第四段基因突变可以导致外耳的发育缺陷。

小耳畸形主要是指外耳的先天发育性结构异常，其严重程度主要表现为从轻度结构异常到完全性耳廓缺失，并且可伴有外耳道狭窄和外耳道闭锁等一系列先天性外耳异常，轻者耳廓略小于正常， 畸形严重者耳廓全部消失， 绝大多数患者仅遗留花生状或贝壳状的残耳组织。同时一些小耳畸形患者也常合并颅面部畸形，中耳及半侧颜面骨及软组织发育不良等。

Prkra 小耳小鼠属于自发性突变,纯合型小鼠在2 周龄时即可见耳廓较小,身长尺寸比正常稍小。纯合型小鼠生长速度比杂合型或野生型同窝小鼠慢,成熟后不能生育,所以该品系主要靠杂合子与杂合子交配来繁育,获得实验所需的纯合型小鼠。Prkra 小耳小鼠突变位点为在2 号染色体76、643、218 bp(GRCm38)上的G向A 的突变转换,位于第3 外显子之后,这可能会影响前体pre-mRNA 的剪接。